Cada Academia se integra con un Presidente, un Secretario y el personal académico adscrito (Art. 52). El Presidente y Secretario son elegidos directamente por los miembros de la Academia por un período de un año, con posibilidad de reelección (Art. 53).
El Presidente debe ser académico de reconocida capacidad y preferentemente contar con nombramiento de Profesor de Carrera (Art. 54). Entre sus atribuciones están convocar y presidir sesiones, representar a la Academia, velar por el cumplimiento normativo y promover su desarrollo eficiente (Art. 55).